La herbolaria se basa en una filosofía distinta a la medicina moderna. En la medicina moderna la salud y enfermedad se analizan bajo la idea de que el cuerpo es la suma de sus órganos, y por lo tanto los tratamientos procuran enfocarse a un problema o mal funcionamiento aislado. En la herbolaria la salud y enfermedad se entienden como un desequilibrio tanto físico como espiritual o energético, y por lo tanto la curación involucra un tratamiento comprensivo para re establecer el equilibrio.
Actualmente es común combinar la filosofía de la medicina moderna con los conocimientos botánicos de la herbolaria; el campo científico realiza investigaciones para verificar las propiedades específicas de las plantas, y ha llegado a ser bastante común recetar pastillas "naturales" o hierbas para aliviar un malestar como dolor de cabeza o alguna infección. Aunque esto puede funcionar a corto plazo (la planta recetada puede eliminar el dolor o la infección en esa ocasión), no es un uso preciso de la herbolaria si no trata el desequilibrio que causó el dolor o infección. Según la tradición herbolaria, si el desequilibrio sigue ahí, volverá a resultar en dolor o enfermedad.
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